Stochastické modely chemické dynamiky
| školitel: | doc. RNDr. Tomáš Vejchodský, Ph.D. |
| e-mail: | zobrazit e-mail |
| typ práce: | bakalářská práce, diplomová práce |
| zaměření: | MI_MM, MI_AMSM |
| klíčová slova: | chemická kinetika, translace, transkripce, obyčejné diferenciální rovnice, Markovské řetězce |
| odkaz: | http://math.cas.cz/vejchod |
| přiložený soubor: | 
pdf
|
| popis: | Budeme zkoumat jednoduchý model transkripce a translace genu v režimu, který vede na více než jeden preferovaný stav. Budeme zjišťovat, jak závisí počet těchto preferovaných stavů na různých parametrech a komponentách modelu. |
| literatura: | [1] R. Erban: Stochastic Modelling of Biological Processes, Lecture Notes, University of Oxford, 2014. [2] R. Erban, J. Chapman, P.K. Maini: A practical guide to stochastic simulations of reaction-diffusion processes, Lecture Notes, 35 pages (2007), http://arxiv.org/abs/0704.1908 [3] A. Duncan, S. Liao, T. Vejchodský, R. Erban, R. Grima: Noise-induced multistability in chemical systems: Discrete versus continuum modeling, Physical Review E 91, 2015, 042111. |
| poznámka: | Cíle: - Zvládnutí deterministického a stochastického popisu chemické kinetiky. - Numerická implementace deterministických a stochastických modelů v Matlabu. - Statistické zpracování výsledků. - Analýza počtu preferovaných stavů. Nástroje: - Numerický řešič soustav obyčejných diferenciálních rovnic. - Gillespieho stochastický simulační algoritmus. - Statistické metody (střední hodnota, histogram). - Základní chemická rovnice. - Matlab. |
| naposledy změněno: | 03.03.2021 17:37:16 |
za obsah této stránky zodpovídá:
Čestmír Burdík | naposledy změněno: 9.9.2021