Stochastické modely chemické dynamiky

školitel: doc. RNDr. Tomáš Vejchodský, Ph.D.
e-mail: zobrazit e-mail
typ práce: bakalářská práce, diplomová práce
zaměření: MI_MM, MI_AMSM
klíčová slova: chemická kinetika, translace, transkripce, obyčejné diferenciální rovnice, Markovské řetězce
odkaz: http://math.cas.cz/vejchod
přiložený soubor: ikona pdf
popis: Budeme zkoumat jednoduchý model transkripce a translace genu v režimu, který vede na více než jeden preferovaný stav. Budeme zjišťovat, jak závisí počet těchto preferovaných stavů na různých parametrech a komponentách modelu.
literatura: [1] R. Erban: Stochastic Modelling of Biological Processes, Lecture Notes, University of Oxford, 2014. [2] R. Erban, J. Chapman, P.K. Maini: A practical guide to stochastic simulations of reaction-diffusion processes, Lecture Notes, 35 pages (2007), http://arxiv.org/abs/0704.1908 [3] A. Duncan, S. Liao, T. Vejchodský, R. Erban, R. Grima: Noise-induced multistability in chemical systems: Discrete versus continuum modeling, Physical Review E 91, 2015, 042111.
poznámka: Cíle: - Zvládnutí deterministického a stochastického popisu chemické kinetiky. - Numerická implementace deterministických a stochastických modelů v Matlabu. - Statistické zpracování výsledků. - Analýza počtu preferovaných stavů. Nástroje: - Numerický řešič soustav obyčejných diferenciálních rovnic. - Gillespieho stochastický simulační algoritmus. - Statistické metody (střední hodnota, histogram). - Základní chemická rovnice. - Matlab.
naposledy změněno: 01.05.2015 13:54:36

za obsah této stránky zodpovídá: Ľubomíra Dvořáková | naposledy změněno: 12.9.2011
Trojanova 13, 120 00 Praha 2, tel. 224 358 540, pevná linka 224 923 098, fax 234 358 643
České vysoké učení technické v Praze | Fakulta jaderná a fyzikálně inženýrská | Katedra matematiky