Matematika patří na FJFI k hlavním teoretickým disciplínám. Katedra matematiky zajišťuje veškerou výuku matematiky pro všechny obory na fakultě. Výuka matematiky probíhá ve všech zaměřeních v prvních dvou letech bakalářského studia. Posluchači získávají poměrně hluboké poznatky z matematické analýzy a lineární algebry, a to na třech úrovních obtížnosti: A, B, nebo v předmětu Matematika. Seznámí se se základy práce na počítačích. V závislosti na výběru zaměření pak navazují kurzy dalších matematických disciplín, jako obyčejné a parciální diferenciální rovnice, numerické metody, teorie pravděpodobnosti a matematická statistika.

Katedra matematiky garantuje výchovu ve čtyřech zaměřeních magisterského studia: Matematické modelování a Aplikované matematicko-stochastické metody v oboru Matematické inženýrství, Softwarové inženýrství a matematická informatika a Tvorba softwaru v oboru Inženýrská informatika. Posluchači všech čtyř zaměření jsou důkladně školeni v klasických i moderních partiích matematiky a informatiky. Jedná se zejména o algebru, funkcionální analýzu, matematickou fyziku, numerickou matematiku, teorii pravděpodobnosti a matematickou statistiku a celou řadu předmětů z oblasti diskrétní matematiky a teoretické informatiky. Na všech zaměřeních je kladen důraz na aplikace získaných poznatků včetně řešení problému na moderní výpočetní technice. Dále katedra zajišťuje bakalářské zaměření Praktická informatika v oboru Inženýrská informatika. Viz Bakalářské studium a Navazující magisterské studium.

Na katedře matematiky je zřízena speciální počítačová učebna Tereza, vybavená potřebnými pomůckami, usnadňujícími nevidomým a slabozrakým studentům vysokoškolské studium.

Pracovníci katedry se věnují vědeckovýzkumné činnosti v rámci čtyř výzkumných skupin:

• GAMS Skupina aplikované matematiky a stochastiky se zabývá analýzou mikroskopické struktury dopravních toků a modelováním agentních systémů a statistickým zpracováním obecných monitorovacích signálů s aplikacemi v akustické defektoskopii materiálů;
• MAFIA Aplikace algebraických a funkcionálně analytických metod se soustředí na využití algebry, funkcionální analýzy a geometrie v matematické fyzice a kvantové teorii;
• MMG Skupina matematického modelování se věnuje matematickému modelování orientovanému na tvorbu a analýzu deterministických i stochastických modelů fyzikálních, technických, biomedicínských a ekologických procesů;
• TIGR Skupina teoretické informatiky zkoumá využití algebry, algebraické teorie čísel, teorie grafů a diskrétní matematiky v nestandardních numeračních systémech, v modelování aperiodických struktur (zejména kvazikrystalů) a v symbolických dynamických systémech s důrazem na kombinatoriku na slovech.