Automatická analýza buněčných procesů ze snímků pořízených TIRF-SIM mikroskopem

advisor: doc. Ing. Filip Šroubek, Ph.D. DSc.
e-mail: show e-mail
type: bachelor thesis, master thesis
branch of study: MI_MM, MI_AMSM, MINF
key words: segmentace, klasifikace, tracking, odšumování, hluboké učení
link: http://zoi.utia.cas.cz/diplomky
description: TIRF-SIM (total internal reflection fluorescence structured illumination microscopy) je aktuálně nejmodernější technologie fluorescenční mikroskopie, která umožňuje pozorovat procesy v živých buňkách s unikátním prostorovým a časovým rozlišením. Nové vědecké závěry, které pomocí této technologie lze získat, vyžadují přesnou statistickou analýzu velkého množství časosběrných snímků. Student bude mít příležitost se účastnit multidisciplinárního výzkumu, který provádíme ve spolupráci s Univerzitou Cambridge, kde studují aktivní proces, jímž buňka pohlcuje částice ze svého povrchu. Tímto procesem, který se nazývá endocytóza, se mohou do buňky dostat hormony, protilátky, ale i viry a toxiny. Výsledky našich pozorování a analýzy mají velký význam pro porozumění základních fyziologických procesů v těle a také při vývoji nových terapeutických strategií (jako je např. imunoterapie). Cílem práce je seznámit se s SIM technologií a využít stávajícího softwaru na automatickou detekci pro sledování procesu endocytózy. Dále pak student navrhne metody na klasifikaci fáze endocytózy za pomoci metod strojového učení. Znalosti z oblasti buněčné biologie nejsou samozřejmě vyžadovány.
references: C.M. Bishop, Pattern Recognition and Machine Learning, Springer, 2006 I. Goodfellow et al., Deep Learning, MIT Press, 2016 J. Boulanger et al., Nonsmooth convex optimization for structured illumination microscopy image reconstruction, Inverse Problems, 34(9), 2018
last update: 17.10.2019 10:15:08

administrator for this page: Ľubomíra Dvořáková | last update: 09/12/2011
Trojanova 13, 120 00 Praha 2, tel. 224 358 540, pevná linka 224 923 098, fax 234 358 643
Czech Technical Univeristy in Prague | Faculty of Nuclear Sciences and Physical Engineering | Department of Mathematics